微波滅菌機微波干燥原理：微波的電磁場能使物料中的極性分子隨著微波的震蕩頻率而相互摩擦，從而產(chǎn)生大量熱量，加速水分的蒸發(fā)。
微波殺菌機理：微波作用能改變生物性排列聚合狀態(tài)及其運動規(guī)律，而且微波場感應的離子流，會影響細胞膜附近的電荷分布，導致膜的屏障作用受到損傷，影響Na-K泵的功能，產(chǎn)生膜功能障礙，從而干擾或破壞細胞的正常新陳代謝功能，導致細菌生長抑制，停止或死亡，從而產(chǎn)生殺菌效果。另外，細胞中的核糖核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）在微波場力作用下可導致氫鍵有松弛、斷裂或重組，誘發(fā)基因突變或染色體畸變，從而影響其生物活性的改變、延緩或中斷細胞的穩(wěn)定遺傳和增殖，這也是微波殺菌的另一原因。

微波滅菌機微波殺菌、保鮮是微波熱效應共同作用結(jié)果。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用；而非熱效應則使微生物體蛋白質(zhì)和生亙活性物質(zhì)變異，從而喪失活力或死亡。
 
因此微波殺菌溫度低于常規(guī)方法，一般情況下，常規(guī)方法殺菌溫度要求在100攝氏度以上，時間十幾分鐘至幾十分鐘，而微波殺菌溫度僅85攝氏度，時間為幾分鐘，幾乎能滿足各種物料的殺菌需要。